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BIOWEB便り
雪の話題も届き、本格的な冬が来た感じですが、皆様のエリアではいか
がでしょうか?

さて、GPGPU(多目的グラフィック・プロセッシング・ユニット)という
ゲーム用のグラフィックLSIやボードを搭載したパソコンがあります。

このところ、この演算LSIを使って統計解析を行うようなプログラム開発
に取り組んでいます。

400バイト前後の長さの数値データが数千万件あり、1対1千万件の類似性
を評価するのに、普通のCPUを使ったパソコンで1〜2分程度かかるところ
を、アルゴリズムの改良を含めてGPUボードで10秒ぐらいまで短縮できま
した。これだけ見ているとすごそうに見えます。

でも、1対多でなく、多対多、ここでは、1千万件の総当たりでどれだけ
似ているかを計算しようとすると、10秒×1千万件/2となり、578日程度
計算時間が必要という試算結果です。このままでは、まだ使い物になり
ません。あと100倍ぐらい高速に処理する必要があります。

総当りは、2つのデータの組合せで、Nの2乗のオーダーですから、まだ序
の口ですが、データの組合せの多い世界は、本当に大変と最近は感じま
す。

近似解を得るのがやっとの世界がたくさんありますね。早く量子コンピュー
ターが使えるようにならないかな、と思います。
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