[1]リアルタイムPCRの原理
北條浩彦
- インターカレーション法
- ハイブリダイゼーション法
FRETプローブ/TaqManプローブ
- LUX(Light Upon eXtension)法
- その他の方法:PlexorTMシステム
- リアルタイムPCRによってなぜ元のDNA量が判定できるのか?
[2]リアルタイムPCRの定量方法
北條浩彦
協力/ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社,アプライドバイオシステムズジャパン株式会社
- リアルタイムPCRで定量できる原理
PCR増幅曲線/PCR増幅曲線と初期DNA濃度の関係
- 検量線を用いた定量方法
- 検量線を使った絶対定量と相対定量
絶対定量法/相対定量法
- ΔΔCt法
[3]リアルタイムPCRを使った解析の方法
1)リアルタイムRT-PCR法による遺伝子発現解析
吉崎美和 向井博之
- 実験の流れ
RNA抽出/逆転写反応/リアルタイムPCR/相対定量解析
- 後で困らないための実験計画
mRNA量の補正方法/ΔΔCt法の使い方/レプリケートの取り方
2)TaqMan(R)プローブによる遺伝子変異(SNP)のタイピング
勝本 博
- 基本原理
- TaqMan(R)MGBプローブ
- 実際の操作
3)HybProbe, High Resolution Meltingによる遺伝子変異(SNP)のタイピング
沖田規幸
- HybProbeを用いたジェノタイピングについて
HybProbeの動作原理/HybProbeでの変異検出方法
- HRMを用いた変異スクリーニングについて
HRMでの変異スクリーニングの動作原理/HRMを用いた変異スクリーニングでの変異検出方法
- HRMを用いたジェノタイピングについて
HRMでのジェノタイピングの動作原理/HRMでのジェノタイピング検出方法
4)遺伝子発現量の測定
白神 博
- 遺伝子量の測定法の選び方
- 検量線を用いた遺伝子発現量解析
検量線作成用サンプルの準備/検量線作成のための希釈系列作成方法/希釈系列の単位/ターゲット遺伝子と内在性コントロール遺伝子の検量線作成/遺伝子発現量の計算例
5)プライマー,プローブの設計方法
沖田規幸
- プライマー,プローブの設計の実際
プライマー,プローブ設計のアウトライン/ターゲット遺伝子配列の検索/プライマー,プローブの設計/プライマー,プローブチェック/リアルタイムPCRでのウェットチェック
6)アプライドバイオシステムズ リアルタイムPCRシステムの特長と使用法
白神 博
- システムの概要
- 操作方法の概略
7)ライトサイクラー(R)システムの特長とソフトウェアコンセプト
小林五月
- ライトサイクラー(R)システムのコンセプトおよび特徴
- ソフトウェアのコンセプトと使用上のキーポイント
PCR温度設定条件/解析ソフトウェア
実践編 目的別リアルタイムPCR最新活用プロトコール |
[1]遺伝子発現解析
1)時計遺伝子の概日発現リズムの定量
生命現象と関連した遺伝子発現変化の解析
小川雪乃 程 肇
2)RNAiによる遺伝子発現抑制効果の評価
内藤雄樹 西 賢二 善野修平 西郷 薫 程 久美子
3)網羅的な遺伝子発現解析
鈴木孝昌
4)内在性コントロール遺伝子の設定
萩原圭祐
[2]マイクロRNA発現解析
北條浩彦
[3]遺伝子多型のタイピング
1)単一塩基多型(SNP)と集団差の解析
大橋 順
2)リアルタイムPCR装置を用いたジェノタイピング
池田仁子 村松正明
[4]遺伝子量解析
1)ゲノム上の遺伝子量に関する解析
コピー数多型の検出
勝本 博
2)DNAメチル化程度の判定
北條浩彦
3)エピジェネティックに関連した解析〜癌とDNAメチル化
山下 聡 丹羽 透
4)ウイルスゲノムの定性的検出
清水則夫 水上美樹 渡邊 健
5)ウイルスゲノムの定量的検出
清水則夫 渡邊 健 水上美樹 渡辺 哲
付録:活用できるWebサイト一覧
索引
コピー数とは?
検量線作成の希釈溶液
偽遺伝子:存在しないはずのゲノム配列が増幅される!?
内在性コントロールの選択
正確な定量のための工夫